Een belangrijk onderdeel van de structuur van AEGEE-Europa wordt ingevuld door Working groups en Projects. Deze werkgroepen en projectteams voeren het beleid van AEGEE-Europa uit.

Actieve AEGEE-leden vanuit heel Europa die gedeelde interesses hebben, zijn meer dan welkom om hun steentje bij te dragen in een werkgroep of project. Om hun visie en kennis samen te brengen worden de werkgroepen en projectteams opgestart waarbinnen zij discussies, conferenties en andere evenementen in verschillende landen organiseren. Omdat de leden vaak ver van elkaar vandaan wonen wordt veel vergaderd via het internet (videomeetings, e-mail, etc.). Deze intensieve samenwerking levert vaak veel persoonlijke ervaringen en goede vriendschappen op.